L’État assure la conception, l’animation, l’évaluation et la mise à jour de l’inventaire du patrimoine naturel de l’ensemble du territoire national (art. L. 411-5 du Code de l’environnement). L’inventaire des ZNIEFF en constitue le volet le plus important et le plus conséquent.

Pour ce faire, les DEAL (ou DREAL) s’appuient généralement sur un secrétariat scientifique dont les rôles sont :
de réaliser un bilan des connaissances acquises sur les différentes ZNIEFF du territoire régional afin de les aider à prioriser les évolutions nécessaires,
d’animer et d’orienter les inventaires complémentaires,
de centraliser et organiser les données récoltées,
de fédérer les acteurs du projet et animer le réseau ainsi constitué.

En Guyane, le bureau d’études BIOTOPE a été mandaté par la DEAL pour remplir les missions de Secrétariat scientifique. Pour orienter les travaux de ce secrétariat, un Comité de Pilotage a été créé localement.

L’inventaire des ZNIEFF, ainsi que son actualisation, sont menés sous la responsabilité scientifique et technique du Muséum national d’Histoire naturelle. Les inventaires de terrain ont été confiés au niveau régional à des spécialistes (associations de protection de la nature, organismes scientifiques, bureaux d’études faune et flore, Établissements publics, experts naturalistes indépendants…).
La méthodologie qu’ils ont employée, ainsi que les données et les résultats obtenus ont été validés par le Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel (CSRPN). En Guyane, en vue d’élargir le nombre d’experts naturalistes impliqués notamment dans la réalisation des listes déterminantes ZNIEFF, un Collège d’experts a été constitué.

Une fois que les inventaires sont réalisés et leurs résultats validés par le CSRPN, ils sont transmis au Service du patrimoine naturel du Muséum national d’Histoire naturelle qui les centralisera, les évaluera, les confirmera et les intégrera au sein d’un fichier national.
Dans ce fichier, chaque ZNIEFF fait l’objet d’une fiche qui comporte :
des données de premier rang, ou données de synthèse ;
le contour de la zone ;
les caractéristiques géographiques et administratives ;
le descriptif du milieu naturel concerné ;
des données de second rang, ou données brutes ;
la liste des espèces animales et végétales présentes ;
la liste des habitats naturels présents et leurs facteurs d’évolution.

Un bilan de cette mise à jour sera disponible d’ici la fin de l’année 2014.